Пилотите на Мерцедес бяха най-бързи и във втората тренировка за Гран при на Япония. В нея Люис Хамилтън изпревари съотборника си Нико Розберг с 0,24 секунди. Трето време даде Валтери Ботас (Уилямс).
Преди началото на вторите 90 минути за подготовка стана ясно, че Пастор Малдонадо ще е вторият пилот, наказан за използването на шести компонент от задвижващата система. От Лотус уведомиха ФИА, че ще инсталират нов двигател с вътрешно горене в колата му. Това означава преместване с 10 места назад на стартовата решетка, какъвто бе случаят с Данил Квят в Италия.
Ромейн Грожан зададе първоначалното темпо с 1:38.440 броени минути след началото на сесията. Камуи Кобаяши се върна в кокпита на Катерам-а си, но в 10-ата минута точно той се оказа първият катастрофирал пилот днес. Японецът изтърва колата си на влизане в S-кривите и се удари в предпазната бариера. Междувременно Кевин Магнусен излезе пръв с 1:37.278, докато Дженсън Бътън съобщи по радиото, че не чува в слушалките си сигнала, даващ знак кога да активира DRS-а.
Проблемите на Торо Росо със задвижващата система продължиха. След като сутринта Макс Верстапен спря в края на първата тренировка, Жан-Ерик Верн не изкара и 20 минути на писта във втората. Французинът спря отстрани на трасето. Оказа се, че при него проблемът е с горивна помпа, механиците успяха да го поправят и той имаше близо 40 минути на разположение за изпитания.
Даниел Рикиардо катастрофира малко след спирането на Верн. Той излетя в последния завой, като предната дясна част на неговия Ред Бул се разби в стената от гуми. Точно преди това австралиецът бе дал най-добро време до този момент в сесията – 1:37.186. Даниел каза по радиото, че е добре и се извини на отбора си за инцидента, обяснявайки, че е изтървал задната част на колата.
Тренировката бе спряна около половин час след началото. Автомобилът на Рикиардо бе преместен до стената на последния шикан, но бе преценено, че мястото не е достатъчно сигурно. Маршалите се справиха с махането му от там за няколко минути и сесията бе подновена.
Времето на Рикиардо скоро бе подобрено от пилотите на Мерцедес. Хамилтън излезе пръв с 1:35.432, Розберг бе зад него преди Кими Райконен да даде второ време – 1:36.529 (с гуми медиум). Тогава се случи още един инцидент – Естебан Гутиерес излетя на Спуун и разби предното си крило. До този момент времена нямаха Верн и Серхио Перес, който бе в бокса с проблем със скоростите.
Хамилтън за малко не изпусна Мерцедес-а си на излизане от Дегнер 2, но овладя ситуацията. Той бе подобрил постижението си до 1:35.078, като все още бе единственият пилот с време под 1:36 мин. Англичанинът вече бе с медиум. Той попита как е времето му в първия сектор, но отговорът от питуола гласеше, че не могат да му дадат тази информация.
Над пистата се появиха облаци и температурата на асфалта падна с пет градуса за десетина минути. Розберг излезе на втора позиция, на малко над две десети от секундата зад съотборника си. Трети бе Ботас, следван от Бътън, Фетел, Райконен, Алонсо.
Перес успя да излезе на пистата за последните 25 минути от тренировката. Над Сузука продължи да се смрачава, облаците се сгъстяваха. Прогнозата бе, че може да вали през последните 20-ина минути и дъждът не закъсня – първите чадъри се появиха по трибуните точно 20 минути преди карирания флаг. Работата продължи, тъй като за момента валежът всъщност бе само няколко капки по трасето и повечето пилоти правеха по-дълги серии от обиколки. Магнусен получи съобщение, че се очаква дъждът да се усили, но трябва да остане на пистата, за да научи колкото се може повече в оставащите обиколки на сухо. След това се обадиха на Розберг, че изглежда ще се задържи сухо и той продължи серията си, но Фетел съобщи, че всъщност валежът става по-сериозен. 4 минути преди края Верн отново спря на пистата, бе показан червен флаг и това сложи финал на сесията.