Андреа Довициозо от Ducati Team спечели първа позиция на пистата Сепанг за утрешната Гран при на Малайзия. Италианският ветеран в клас MotoGP спечели полпозишън с време 2:11,485, като изпревари с 0,246 сънародника си Валентино Роси (Movistar Yamaha MotoGP). Доктора пък излезе втори в последната обиколка, като изпревари с 0,056 сек. съотборника си Хорхе Лоренсо.
Довициозо излезе начело още в началото на сесията, при втория си опит бе единственият, който успя да подобри с няколко стотни времето си. Роси имаше малък проблем с първия завой, но успя да вземе втора позиция на мократа писта при повторната си атака. Лоренцо, който се бори през цялата 2016 г. с гумата на Michelin за мокро отпред, този път се справи добре със задачата и направи добър дуел с Роси, загуби го, но се класира на първа редица.
Станалит вече за трети път световен шампион Мак Маркес (Repsol Honda) е начело на втора редица, въпреки че не даде 100% от възможностите си. До него остана победителят от миналия кръг Кал Кръчлоу (LCR Honda), който катастрофира, на продължи напред и направи още една обиколка, за да спечели 5-ото място. Андреа Яноне също направи добро каране след като се върна отново на пистата. Пилотът на Ducati направи добро каране в трудните условия на пистата, стана 6-и и успя да изпревари дуетът на Team Suzuki Ecstar Алеиш Еспаргаро и Маверик Винялес, които не се чувстваха много добре на мокро. Те останаха на 3-а редица, допълнена от Алваро Баутиста (Aprilia Racing Team Gresini), който влезе в топ 10 с мотор от завода в Ноале.
Десетката допълни Лорис Баз (Avintia Racing), а до него на 4-а редица са Пол Еспаргаро (Monster Yamaha Tech 3) и Хектор Барбера (Avintia Racing).
