Хорхе Лоренсо (Yamaha Factory Racing) спечели първата позиция за Гран При на Япония. Това бе първото излизане на пилоти на пистата, тъй като заради проливния дъжд и лошата видимост бяха отменени всички свободни тренировки, а квалификационната сесия бе само една. Причината бе основно, че медицинскит хеликоптери не могат да летят. Квалификацията бе само една за кралския клас от 75 мин на мокра писта.
Лоренсо постигна време 1:53,471, а втори бе лидерът в класирането Марк Маркес от екипа на Repsol Honda Team на 0.658 сек. Трети стана пилотът на Ducati Ники Хейдън, който за първи път стартира от първа редица след Херес 2012 г.
На втора редица са съотборникът на Маркес Дани Педроса, на Лоренсо – Валентино Роси и на Хейдън – Андреа Довициозо.
